免疫共沉淀（Co-IP)大致实验流程为：构建目标基因的质粒，共转细胞，在细胞裂解液中加入抗诱饵蛋白的抗体，孵育后再加入与抗体特异结合的结合于Agarose珠上的Protein A或G，若细胞中有与兴趣蛋白结合的目的蛋白，就可以形成这样一种复合物：“目标蛋白+诱饵蛋白+抗诱饵蛋白抗体+Protein A或G”，经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，复合物又被分开。然后经免疫印迹或质谱检测目的蛋白。这种方法得到的目的蛋白是在细胞内与兴趣蛋白天然结合的，符合体内实际情况，得到的结果可信度高。