1.表达差异分析：对于使用参照实验设计进行的重复实验, 可以对多个样本的基因表达数据进行差异基因表达分析, 具体方法包括差异倍数分析、t检验等。

2.聚类分析：聚类分析是通过建立各种不同的数学模型，把基于相似数据特征的变量或样本组合在一起。归为一个簇的基因在功能上可能相似或关联，从而找到未知基因的功能信息或已知基因的未知功能。

3.miRNA靶基因预测及信号通路分析：靶基因预测是miRNA功能研究上的有力工具。通过对多个数据库的靶基因预测结果统计，可以进一步缩小靶基因范围，为实验验证提供指导。结合基因表达谱芯片检测结果，可以更有效地分析miRNA靶基因。

4.miRNA靶基因调控网络构建：miRNA在细胞内具有多种重要的调节作用。一个miRNA可能有多个靶基因，而一个基因很可能受多个miRNA的调控。miRNA调控多个基因的表达，也可以通过几个miRNA的组合来精细调控某个基因的表达。针对客户感兴趣的若干个特定miRNA，运用生物信息学的方法和技术通过文献挖掘研究复杂的miRNA调控网络关系，揭示有关的作用机理。