将蛋白质裂解为肽段，然后用iTRAQ试剂进行差异标记。由于iTRAQ试剂是等量的，即不同同位素在标记同一多肽后在第一级质谱检测，分子量完全相同，用串联质谱方法对在第一级质谱检测到前体离子(precursor ion)进行碰撞诱导解离，产物离子通过第二级质谱进行分析。在二级质谱分析过程中，报告基团、质量平衡基团和多肽反应基团之间的键断裂，质量平衡基团丢失，产生低质荷比(m/z)的报告离子。由于二级质谱可分析相对分子质量相差1的报告基团，不同报告基团离子强度的差异就代表了它所标记的多肽的相对丰度。同时，多肽内的酰胺键断裂，形成一系列b 离子和y 离子，得到离子片段的质量数，通过数据库查询和比较，可以鉴定出相应的蛋白质前体。

1.分离能力强、分析范围广；

2.定性分析结果可靠，可同时给出每一个组分的分子量和丰富的结构信息；

3.MS具备高灵敏度、检测限低；

4.分析时间快，分离效果好；

5.自动化程度高；

6.iTRAQ技术不仅可发现胞浆蛋白，还有膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白。iTRAQ技术可检测出低丰度蛋白、强碱性蛋白、小于10KD或大于200KD的蛋白。

1.非常高的通量， 同时标记8个样品，一次实验实现多达8个样品的蛋白质鉴定和定量；

2.标记完全，标记效率高达97%以上 可减少样本处理、以及不同组上机造成的实验误差；

3.可以进行多个时间点蛋白质组动态变化的监测；

4.可以分析详细分期/型的临床疾病样本，并可设计样本重复，甚至可以进行个体样本的研究；

5.可以研究细胞周期、细胞信号传导整个过程的蛋白质组动态学；

6.适用范围广：无物种特异性限制，理论上可用于所有物种。