1.差异lncRNA靶基因预测
lncRNA的靶基因较为复杂,主要分为正式和反式两种作用机制.lncRNA作用机制与miRNA类似,均可以通过调控相应的mRNA来行使功能,所以靶基因的预测在科学研究中都显得非常必要。
2.靶基因Gene Ontology分析
我们将靶基因向gene ontology数据库的各节点映射,计算每个节点的基因数目.
3.靶基因Pathway分析
信号通路分析需要完备的注释信息支持,通过整合KEGG、Biocarta、Reactome等多个数据库的信息可以精确检验来进行Pathway的显著性分析。
4.lncRNA与调控基因的表达机制
通过整合lncRNA的信息和靶基因之间的关系,我们可以得到一个lncRNA与靶基因之间的调控网络图.
5.转录因子结合位点预测
对于差异表达lncRNA,提取转录起始位点上下游序列,使用预测程序对其转录因子结合位点进行预测.
6.基因关联分析
现在市面上的lncRNA芯片均含有mRNA的表达探针,通过将lncRNA的靶基因分析结果与芯片上mRNA的表达结果做关联分析,可以更进一步的分析lncRNA的功能。
7.信号通路调控网络构建:
实验中基因同时参与了很多Pathway,通过构建信号通路调控网络,从宏观层面看到Pathway之间的信号传递关系,在多个显著性Pathway中发现受实验影响的核心Pathway,以及实验影响的信号通路之间的调控机理。
8.lncRNA的功能分析
根据lncRNA最新的功能数据库,利用生物信息学工具,做出Function-Tar-Net图表,从而得出lncRNA与功能的关系
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